O Modelo de Governança Institucional – MGI: do ISEC define a macroestrutura de poder da organização e de como estas instâncias se relacionam, sendo estas: Instâncias Deliberativas (Assembléia Geral e Diretoria Executiva);Fiscalizadoras (Conselho Fiscal e auditoria externa, órgãos obrigatórios em certos casos, etc.);Consultivas (Conselho Fiscal e Administrativo); e,Executivas (Coordenação de Setor e Equipes Executoras).
O MGI – É o “sistema pelo qual o Instituto dirige, monitora, incentiva, envolvendo relacionamento entre Assembleia Geral, Conselho Fiscal, Diretoria Executiva, Coordenações de Setores, Equipe Executora e demais órgãos de controle”.
O ISEC – Tem como princípios básicos de governança institucional a equidade (tratamento justo de todas as partes interessadas), a transparência (mais do que disponibilizar as informações impostas por disposições legais, é obrigação informar tudo que seja de interesse das partes interessadas), a prestação de contas (agentes da entidade devem prestar contas de sua atuação assumindo integralmente as conseqüências de seus atos e omissões) e a responsabilidade (os agentes de governança devem zelar pela sustentabilidade do Instituto, visando à sua longevidade); princípios análogos aos que norteiam a administração pública: legalidade, impessoalidade, moralidade, publicidade e eficiência. Em complemento, acrescenta-se como princípio para entidades do terceiro setor a economicidade, ou seja, ofertar conhecimento técnico-gerencial pelos mais baixos preços compatíveis com a sobrevivência da entidade.